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| A
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Accession
number (número de acesso)
Esse é o identificador para uma seqüência depositada no Genbank.
O formato típico é dado por 1-2 letras seguido de 4-6 dígitos.
Por exemplo: AF34567 e AG76543 (entradas hipotéticas).
Algoritmo
Conjunto
de passos (instruções/comandos) necessários
para o computador executar uma tarefa. Os programadores utilizam
a lógica algorítmica nas diversas linguagens de programação.
O computador, portanto, executa uma tarefa baseado nas instruções
definidas no algoritmo.
Alinhamento
É o processo de alinhar duas ou mais seqüências
que tem o máximo nível de identidade (e conservação,
no caso de seqüências de amino ácidos) com o propósito
de avaliar o grau de similaridade e a possibilidade de homologia.
Alinhamento
global
Alinhamento de duas seqüências nucleotídicas ou
de aminoácidos em toda a sua extensão.
Alinhamento
local
É
o processo de busca de alinhamento de regiões altamente similares
de duas seqüências de DNA ou proteína.
Alinhamento
múltiplo
É a comparação entre três ou
mais seqüências de nucleotídeos ou aminoácidos,
com objetivo de posicionar a maior quantidade de elementos idênticos
entre elas (similaridades).
Alinhamento
ótimo
Um alinhamento de duas seqüências com o mais alto score
possível.
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| B |
Biogeografia
A Biogeografia é o estudo da distribuição geográfica
dos seres vivos e as trocas desta através do tempo.
Bioinformática
Ciência que analisa e administra dados biológicos utilizando-se
de técnicas computacionais.
BLAST
Do inglês Basic Local Alignment Search Tool. É
um algoritmo de comparação sequencial otimizado para
buscas rápidas em bancos de dados de seqüências
genômicas, visando alinhamentos
locais “ótimos”.
Browser
Interface
gráfica da Internet.
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| C |
CLUSTALW
Ferramenta popular para alinhamento múltiplo de seqüências.
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| D |
Domínio
protéico
Porção de uma proteína que se dobra independentemente
do resto da molécula, ,tendo sua função própria.
Download
Processo
de copiar um arquivo de um computador remoto para outro através
da rede.
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| E |
E-value (Expectation
value)
É um número, resultado de cálculos estatísticos,
que indica o grau de "validade" de um alinhamento. Quanto menor
o E-value mais significativo é o alinhamento. O BLAST mostra
os E-values do alinhamento colocando-os em ordem decrescente de
significância.
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| F |
FASTA
Foi o primeiro programa utilizado para busca de similaridade em
banco de dados de seqüências.
Filogenética
É o estudo do desenvolvimento da linhagem orgânica
(phylon) a qual o individuo orgânico pertence.
Formato
FASTA
FASTA
também é o nome da extensão (formato) utilizado
para submissão de seqüências nucleotídicas
ou de aminoácidos. Muitas ferramentas de busca aceitam
este formato. Para cada seqüência existe uma linha de identificação
começando com o símbolo ">", seguido por outras linhas contendo
a seqüência propriamente dita, como exemplificado abaixo:
>
seqüência de DNA de Tiranossauro Rex em formato FASTA
ACAGAAATGATGAGAGAGAGTATATAGATGATAGATTTGCAGACAAAGAACAACA
ACATAGACAGTAGACAGATAGAGACACACAAGAAGATAGAATAGAAGGAGATAGA
>
Seqüência de aminoácidos de Brontossauro em formato
FASTA
WRFGYAMARKWASHEREANDTHEREWTYFGRY
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| G |
GAP
Espaço introduzido em um alinhamento para compensar inserções
e deleções em uma seqüência relativa
a outra. Para prevenir o acúmulo de muitos gaps em um alinhamento,
a introdução de um gap acrescenta um custo para o
score de alinhamento (gap score). Além disso, a extensão
de um gap também penaliza o score de alinhamento.
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| H |
Homólogos
Similaridade atribuída a descendentes de ancestrais comuns
HTML
(hypertext Markup Language)
Linguagem
utilizada para criar documentos em hipertexto para a World Wide
Web, que serão lidos pelos browsers.
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| I |
Identidade
Em
Bioinformática, quando falamos de identidade entre seqüências
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| J |
INÍCIO
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| K |
KEGG
Base de dados de vias metabólicas.
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| L |
Link
Conexão,
ou seja, elementos físicos e lógicos que interligam
os computadores da Rede. Na Web, são palavras-chave
destacadas (normalmente, sublinhadas) em um texto que, quando "clicadas",
nos levam para o assunto desejado, em outro arquivo ou servidor.
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| M |
Motivos
proteicos (Motif)
Região pequena conservada numa seqüência protéica.
Motifs são frequentemente partes de domínios
altamente conservados.
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| N |
INÍCIO
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| O |
Ortólogos
Seqüências gênicas homólogas
em diferentes espécies que se originaram de um ancestral
comum durante uma especiação, pode ou não ser
responsável por função similar.
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| P |
Parálogos
Seqüências homólogas
dentro de uma mesma espécie que surgiram por duplicação
gênica.
Pares
de base (pb)
Duas bases nitrogenadas juntas, ligadas por pontes de hidrogênio.
Elas podem estar pareadas somente na configuração:
C-G ou G-C e A-T ou T-A.
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| Q |
Query
Seqüência de entrada (a ser consultada), ou seqüência
enviada pelo usuário, que é comparada com as seqüências
de um banco de dados.
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| R |
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| S |
Score
No
resultado de um alinhamento entre seqüências, o score
é a pontuação que uma determinada seqüência
recebe dependendo do grau de correspondência encontrada no
banco de dados. São pesos (valores) das operações
realizadas no alinhamento múltiplo. As operações
mais comuns são: inserção de espaço
(gap´s), inserção de um novo elemento (nucleotídeos
ou aminoácidos), substituição do elemento (de
A para T, ou de G para C).
Similaridade
Seqüências correlatas. A similaridade entre duas seqüências
pode ser baseada no percentual de identidade e/ou conservação.
String
Em
informática, chama-se STRING uma seqüência
qualquer de símbolos, caracteres ou letras. Ex: "abcd",
"fgHI", 1234, "a1b2C3",... Em Bioinformática,
strings serão as seqüências compostas pelos 4
desoxi-ribonucleotídeos
possíveis em um DNA (A=adenina, T=timina, C=citosina,
G=guanina) ou pelos 20 aminoácidos existentes, no caso
de uma seqüência proteica. Assim, uma seqüência
(ou string) de DNA "CGTTA", por exemplo, corresponderá a
citosina+guanina+timina+timina+adenina.
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| T |
INÍCIO
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| U |
Upload
Copiar
um arquivo para um servidor remoto; contrário de download.
URL
(Uniforme Resource Locator)
Endereço
na Internet. As URLs são usadas por navegadores da Web para
localizar recursos na Internet.
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| V |
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| W |
WWW
(World Wide Web)
Sistema
de hipermídia desenvolvido por Timothy Berners-Lee,
em 1990, no CERN (European Laboratory for Particle Physics), é a
mais importante aplicação da Internet. Baseado
na linguagem HTML, oferece acesso, através de hiperlinks,
a recursos multimídia
da Internet.
Web
Veja
WWW.
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| X |
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| Y |
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| Z |
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